目の奥の痛みに関してまず注意すべきは、それが本当に眼科で考えるべきものかどうかということです。眼科診察を進めた結果、頭痛外来の受診をお勧めする場合もときにあります。
ご自身で目の奥が痛いのか頭痛なのか分からない場合に眼科を受診するのは、目の異常を除外しておくという点で意義があります。

眼科で診る多くの目の奥の痛みは、眼精疲労に伴うものです。
眼精疲労の原因は実に多様であり、詳しくは眼精疲労の項をご参照下さい。

目の奥が痛くなる原因でほかに考えられるのは、副鼻腔炎（蓄膿）が目の奥に及んだ場合があります。その場合、重篤な炎症が視神経に及ぶ可能性もあり、耳鼻科でのレントゲン検査は重要になります。

他にもやや稀な眼疾患が多くありますので、眼科専門医での診察をお勧めします。